Poco a poco, la madre Rafaela María del Sagrado Corazón era relegada del gobierno del instituto por causa de las discrepancias con su hermana, la madre Pilar. Las monjas del instituto no conocían los problemas entre las dos hermanas fundadoras. La madre Sagrado Corazón por el bien del instituto firmó cediendo a la madre Pilar el gobierno de la orden, fue trasladada a la casa que tenían en Roma donde allí apenas era conocida, pasando inadvertida, siendo así aislada y olvidada. Fue un verdadero sufrimiento que duró 32 años. Pero la santa se apoyaba y confiaba en el Señor.